ฐานความคิดการจัดตั้งสถาบัน
สถาบันจัดตั้งขึ้นจากขบวนการพัฒนางานเกษตรกรรมทางเลือกของเครือข่ายเกษตรกรรมทางเลือก ด้วยเล็งเห็นว่าขบวนการงานเกษตรกรรมทางเลือกได้เคลื่อนตัวมาถึงช่วงเวลาที่ต้องการหน่วยงาน ทางวิชาการที่จะสนับสนุนความเข้มแข็งขององค์กรชาวบ้าน ด้วยการพัฒนาความรู้บนฐานภูมิปัญญาขององค์กรชาวบ้าน และเพื่อเป็นหน่วยงานทางวิชาการของสังคมที่จะอธิบายเรื่องเกษตรกรรมยั่งยืนให้กับสังคม
ความรู้ในงานเกษตรกรรมในสังคมไทย เป็นความรู้ที่ได้รับการบ่มเพาะจากการปฏิวัติเขียวเป็นหลัก และถูกครอบงำโดยธนาคารโลก หรือหน่วยงานวิจัยระดับโลก และบริษัทข้ามชาติ หน่วยงานเหล่านี้ได้ส่งผ่านความรู้สู่เกษตรกร ด้วยการเชื่อมโยงทางนโยบาย และมีบทบาทหลักในการส่งเสริมเกษตรกรรม ผ่านระบบตลาด และการค้าเสรี ซึ่งทำให้เกษตรกรต้องพึ่งพิงความรู้ในการผลิตจากหน่วยงานภายนอกเป็นหลัก ความรู้ภายในของเกษตรกรนับวันจะถดถอย และถูกทำให้ลดเลือนคุณค่าที่มี
ความพยายามแก้ไขปัญหาของเกษตรกรและกลุ่มเกษตรกรในช่วงที่ผ่านมาด้วยการหันมาปรับเปลี่ยนระบบการผลิตเป็นเกษตรกรรมยั่งยืนนั้น ได้ใช้ความรู้ที่เกิดจากการแลกเปลี่ยนกันเอง และการดูจากที่อื่นเป็นหลัก ยังไม่มีหน่วยงานหรือสถาบันใดที่ทำงานความรู้ด้านเกษตรกรรมยั่งยืน ทั้งในด้านการเก็บรวบรวมความรู้ การคิดค้นภูมิปัญญา และปรับใช้ รวมทั้งการคิดค้นใหม่ให้สอดคล้องกับการแก้ไขปัญหาในปัจจุบัน ความรู้ในงานเกษตรกรรมยั่งยืนในปัจจุบันจึงยังขาดแคลนอยู่มาก ความรู้ที่มีอยู่ยังเป็นความรู้ที่อยู่กระจัดกระจาย ยังไม่เป็นระบบ และเป็นความรู้ที่เกษตรกรพัฒนาขึ้นร่วมกับนักวิชาการ และนักพัฒนาในองค์กรพัฒนาเอกชน มีลักษณะเฉพาะจุด เฉพาะที่ มีการรวบรวมองค์ความรู้ชุดต่างๆอยู่บ้าง แต่ยังไม่มากพอที่จะอธิบายระบบเกษตรกรรมยั่งยืนได้อย่างครอบคลุม ทั้งโดยฐานะระบบการผลิต และฐานะระบบทางสังคม ทำให้พลังอำนาจแห่งการขับเคลื่อนขบวนการเกษตรกรรมยั่งยืน ทั้งในระดับนโยบาย และระดับพื้นที่ถูกลดทอนไป ความรู้ที่จะได้รับการพัฒนา ประยุกต์ ควรดำเนินไปเพื่อสร้างพลังของเกษตรกรและกลุ่มเกษตรกรในการแก้ไขปัญหาของตนเอง และสังคม
