มูลนิธิเกษตรกรรมยั่งยืน(ประเทศไทย) จึงได้รับการสถาปนาขึ้น ด้วยความคาดหวังดังกล่าวข้างต้น มูลนิธิฯ ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2541 และได้รับบทบาทในการบริหารโครงการนำร่องเพื่อพัฒนาเกษตรกรรมยั่งยืนของ เกษตรกรรายย่อย ซึ่งเป็นโครงการที่ได้ผลักดันโดยเครือข่ายเกษตรกรรมทางเลือกร่วมกับสมัชชาคน จน ได้รับงบประมาณในการบริหารโครงการจากรัฐบาลผ่านกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ดำเนินงานโครงการ 4 ปี (ตุลาคม 2543-ตุลาคม 2547) ทำให้มูลนิธิฯ มีต้นทุนของการดำเนินงานขับเคลื่อนการสร้างรูปธรรมการพัฒนาระบบเกษตรกรรม ยั่งยืนกับองค์กรชาวบ้าน ความรู้ในการขับเคลื่อนงานดังกล่าวปรากฏทั้งในรูปงานวิจัย งานรูปธรรมที่เกิดขึ้นในพื้นที่ เกษตรกรต้นแบบ ซึ่งต้องพัฒนาอย่างต่อเนื่อง
มูลนิธิฯ มีมติให้จัดตั้ง สถาบันเกษตรกรรมยั่งยืนขึ้น ในการประชุมคณะกรรมการมูลนิธิฯ ครั้งที่ 1/2549 เมื่อวันที่ 24 เมษายน 2549 ณ ห้องประชุมสำนักงานมูลนิธิฯ เพื่อให้สถาบันได้มีบทบาทในการบริหารงานตามนโยบายของมูลนิธิฯ และดำเนินงานขับเคลื่อนความรู้ร่วมกับองค์กรชาวบ้าน และภาคีต่างๆในสังคมไทย อันเป็นเจตนารมณ์ในการก่อตั้งมูลนิธิฯ ซึ่งจะทำให้ความรู้ และกระบวนการเรียนรู้งานเกษตรกรรมยั่งยืนได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องต่อไป และยกระดับความรู้ภูมิปัญญาสู่นโยบาย
วิสัยทัศน์ของสถาบันฯ
ภาคเกษตรกรรมไทยปรับเปลี่ยนสู่การพัฒนาระบบเกษตรกรรมยั่งยืน ซึ่งทำให้เกษตรกรและชุมชนมีคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้น มีอุดมการณ์ในการพึ่งตนเองและช่วยเหลือสังคม มีศักยภาพในการพัฒนาตนเองอย่างมีศักดิ์ศรี มีความสัมพันธ์ทางสังคมที่เกื้อกูลกันทั้งในระดับชุมชนท้องถิ่นและสังคม สร้างคุณค่าต่อสังคมและได้รับการยอมรับและเคารพในสิทธิของเกษตรกรและชุมชน จากสังคมไทยโดยรวม
บทบาทของสถาบัน
สถาบันมีบทบาทในการพัฒนาความรู้ สร้างกระบวนการพัฒนาเพื่อสร้างนวตกรรม สร้างพื้นที่ทางสังคมให้กับเกษตรกรและงานเกษตรกรรมยั่งยืน และใช้ความรู้ในการขับเคลื่อนทางนโยบาย รูปธรรมของบทบาท มีดังนี้
พัฒนาความคิด ความรู้เกษตรกรรมยั่งยืนร่วมกับองค์กรชาวบ้าน สนับสนุนให้งานวิจัยของชาวบ้าน สามารถชี้ให้เห็นถึงศักยภาพของชุมชน/เกษตรกรในการพัฒนาความรู้ โดยอยู่บนฐานการแก้ไขปัญหาของเกษตรกรและชุมชน และการนำพาไปสู่การพึ่งตนเอง
สร้างกระบวนการพัฒนาความรู้เกษตรกรรมยั่งยืน โดยประสานเชื่อมโยง /จัดการความรู้ และการวิจัยที่พัฒนาโดยกลุ่มและฝ่ายต่างๆ (รวมทั้งฝ่ายรัฐ และหน่วยงานที่ศึกษาวิจัยทางวิทยาศาสตร์)
การประสานความร่วมมือกับองค์กรต่างๆทั้งภาครัฐและเอกชน ผลักดันนโยบายเกษตรกรรมยั่งยืน และประเด็นต่างๆที่เกี่ยวข้อง
สร้างพื้นที่ทางสังคมให้กับเกษตรกร กลุ่มเกษตรกรและภาคีที่ร่วมขบวนการพัฒนาระบบเกษตรกรรมยั่งยืน โดยการเผยแพร่แนวคิด และอุดมการณ์เกษตรกรรมยั่งยืนเพื่อให้เกิดการยอมรับในสังคมไทย”