ธาตุอาหารที่ได้จากกระบวนการเน่าเปื่อยผุพังของปุ๋ยประเภทนี้ จะไม่ส่งผลกระทบต่อสิ่งมีชีวิตในดินโดยตรง เนื่องจากเป็นกระบวนการที่ดำเนินไปอย่างช้าๆ และค่อยๆปลดปล่อยแร่ธาตุอาหารจนไม่ทำลายความสมดุลของดินการใช้ปุ๋ยหมัก
การใช้ปุ๋ยหมักเป็นหัวใจสำคัญของเกษตรอินทรีย์ และเป็นวิธีการหมุนเวียนเศษวัสดุจากกิจกรรมผลิตต่างๆ มาใช้ในระบบการเกษตรธรรมชาติกลับไม่มีความจำเป็น ทั้งนี้เนื่องจากนักเกษตรกรรมธรรมชาติให้เหตุผลว่าเป็นการเปลืองแรงงานไปโดยเปล่าประโยชน์ ในขณะที่แร่ธาตุอาหารที่เหมาะสมอยู่ในวัสดุต่างๆจะสูญเสียไปอย่างรวดเร็ว
การใช้ปุ๋ยคอก
ปุ๋ยคอกคือมูลและเศษของเหลือจากการขับถ่ายของสัตว์มีความสำคัญต่อระบบเกษตรกรรมทุกประเภท เนื่องจากการนำมูลสัตว์กลับมาใช้ในไร่นาเป็นการคืนแร่ธาตุอาหารที่สัตว์ได้บริโภคมาจากพืชมาหมุนเวียนกลับเข้ามาภายในระบบอีกครั้งหนึ่ง เกษตรกรไทยในอดีต รู้จักวิธีการใช้ปุ๋ยคอกเพื่อบำรุงดินมาช้านานดังจะเห็นได้จากพิธีกรรม การสู่ขวัญข้าวหรือนบข้าว ซึ่งชาวบ้านจะหาบปุ๋ยไปใส่นาก่อนอันเป็นส่วนหนึ่งของพิธี แล้วค่อยขนมูลสัตว์ทั้งหมดที่มีไปใส่ไร่นาภายหลัง
รูปแบบการใช้ปุ๋ยคอกที่สำคัญประการหนึ่งก็คือ การทำปุ๋ยหมักมูลคอกสัตว์ โดยจะมีการตีไม้กระดาน หรือใช้ขอนไม้และวัสดุอื่นๆ มาปูที่พื้นคอกสัตว์ หลังจากผ่านไปประมาณ 1 เดือนเกษตรกรจะค่อยๆทะยอยนำปุ๋ยที่ได้ไปใช้ และนำเศษพืชมาปูพื้นคอกใหม่ หมุนเวียนเช่นนี้ไปทั้งปี โดยเกษตรกรจะได้ปุ๋ยอินทรีย์ทั้งหมดประมาณ 2 ตันต่อการเลี้ยงวัวหรือควาย 1 ตัว
ตารางเปรียบเทียบแสดงคุณสมบัติทางเคมีของปุ๋ยหมักในคอกสัตว์ของเกษตรกรภาคอีสาน
| แหล่งที่มา | %คาร์บอน | %ไนโตรเจน | %ฟอสฟอรัส | %โปตัสเซียม |
| บ้านโนนสวรรค์ | 18.1 | 0.98 | 0.165 | 0543 |
| บ้านโพนครก | 14.0 | 0.96 | 0.154 | 0.691 |
| บ้านจอม | 12.7 | 0.62 | 0.137 | 0.358 |
ที่มาตาราง : ดัดแปลงจากโครงการวิจัยระบบทำฟาร์ม ม.ขอนแก่น (2532), รายงานการวิจัย เรื่อง เทคโนโลยีการเกษตรพื้นบ้าน : การทำปุ๋ยหมักในคอกสัตว์
