ความเป็นมาของมูลนิธิฮักเมืองน่าน เกิดจากรวมตัวของเครือข่ายภาคีต่างๆ ของจังหวัดน่าน ที่ทำงานมุ่งหมายในการพัฒนาจัดการตนเองด้านสังคม วัฒนธรรม ทรัพยากรสิ่งแวดล้อมและการทำการเกษตร ในปี 2542 ซึ่งก่อนหน้านี้ได้มีการรวมเป็นเครือข่ายฮักเมืองน่านกันมาก่อน หนึ่งในประเด็นของการดำเนินงานของมูลนิธิฯ คือ การรวมกลุ่มของเกษตรกรและองค์กรพัฒนาเอกชนที่ทำงานอนุรักษ์พันธุ์พืชพื้นบ้าน ในนาม ชมรมอนุรักษ์พันธุ์พืชพื้นบ้าน ซึ่งได้เริ่มการดำเนินงานมาตั้งแต่ปี 2533 โดยมีสำรวย ผัดผล ปัจจุบันเป็นนายกองค์การบริหารส่วนตำบลเมืองจัง อำเภอภูเพียง จังหวัดน่าน มาเก็บรวมรวมพันธุ์พืชพื้นบ้านร่วมกับเกษตรกร ทั้งพื้นที่ราบและพื้นที่สูงในจังหวัดน่านทั้งพืชผัก พันธุ์ข้าวไร่ ข้าวนา ที่ยังคงหลงเหลือและมีการใช้ประโยชน์อยู่
ปี 2545 ชมรมฯ ได้ปรับเปลี่ยนตั้งเป็น ศูนย์การเรียนรู้โจ้โก้ เพื่อเปิดพื้นที่การเรียนรู้ที่เน้นการมีส่วนร่วมกับชุมชน มีพื้นที่ในการทดลองปฏิบัติด้านการเกษตร และที่สำคัญคือเป็นแหล่งเพาะเมล็ดพันธุ์ แหล่งเรียนรู้เมล็ดพันธุ์พื้นบ้าน โดยเฉพาะ “ข้าว” โดยได้ร่วมกับเกษตรกรในการอนุรักษ์ คัดเลือก พัฒนาและปรับปรุงสายพันธุ์ เพื่อนำไปใช้ให้เกิดประโยชน์ ซึ่งได้มีพันธุกรรมหลายสายพันธุ์ที่ออกมา เช่น ข้าวเหนียวหวั่น
การทำงานของมูลนิธิฯ ควบคู่กับการพัฒนาคนและพันธุกรรม เช่น ในการดำเนินงานเมื่อรับรู้ปัญหาที่เกษตรกรต้องการพัฒนาพันธุ์ข้าวให้ได้พันธุ์ที่หอม ไม่ล้ม ต้านทานโรค มูลนิธิฯ จึงร่วมมือกับหน่วยงานต่างๆ เช่น สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.) กรมวิชาการเกษตร เพื่อมาร่วมทำวิจัย ให้ความรู้กับเกษตรกร สิ่งที่ถือว่าประสบความสำเร็จ คือ การพัฒนาพันธุ์ข้าวเหนียวน่าน 59 ซึ่งต่อยอดมาจากสายพันธุ์ กข.6 จนได้รับรองพันธุ์วางจำหน่ายให้กับเกษตรกรที่สนใจนำไปปลูก ในนาม วิสาหกิจชุมชนเกษตรฮักน่าน
ความร่วมมือในการพัฒนาสายพันธุ์ข้าวเหนียวน่าน 59 ที่เกิดขึ้นทำให้เกษตรกรได้เป็นเจ้าของพันธุ์ มีการจัดการแปลงพันธุ์คัด แปลงหลักและแปลงขยายพันธุ์ โดยมีเครือข่ายเกษตรกรที่ร่วมกันในพื้นที่กว่า 200 ไร่ เพื่อให้เป็นมืออาชีพในการทำเมล็ดพันธุ์โดยเกษตรกรเอง และในวันที่ 21 มิถุนายน นี้ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ เสด็จพระราชดำเนินทรงหว่านกล้าข้าวพันธุ์หลักข้าวเหนียวน่าน 59 ในแปลงเกษตรจังหวัดน่าน นำมาซึ่งความภาคภูมิใจของมูลนิธิฮักเมืองน่าน
บทเรียนสำคัญ คือ ในการพัฒนาปรับปรุงสายพันธุ์ข้าวนั้นต้องเกิดความร่วมมือกันในระดับจังหวัดและภาคีต่างๆ โดยมีมูลนิธิฮักเมืองน่านทำบทบาทดังกล่าว เพื่อให้เมล็ดพันธุ์อยู่ในมือของเกษตรกรอย่างแท้จริง ตามคำกล่าวของพระครูพิทักษณ์นันทคุณ เจ้าอาวาสวัดอรัญญาวาส จังหวัดน่าน ผู้ร่วมก่อตั้งมูลนิธิฮักเมืองน่าน และที่ปรึกษามูลนิธิฯ ในปัจจุบัน ที่ได้กล่าวไว้ว่า “คนอยู่กับป่า ปลาอยู่กับน้ำ เมล็ดพันธุ์พืชอยู่ในมือเกษตรกร”
